14歳。本編の主人公。
EVA初号機に乗る「第3の少年」。使徒との戦いを通じて自分しかできないことに気づき始めた。他人との関わりあいを通じ、彼の心はどんな変化を見せるのか。
EVA零号機に乗る「第1の少女」。
感情を見せない無口な少女で、どこか人工的な部分を感じさせる。シンジと戦うことで微笑を覚えた彼女の心に、ある変化が起きようとしている。
EVA2号機に乗る「第2の少女」。
ドイツ出身で、プラグスーツのイメージカラーはレッド。勝ち気な性格と気持ちをストレートに反映した言動で周囲を圧倒する。
「破」から登場する新キャラクター。
詳細は不明。
月面で目覚め、ゼーレと会話をしていた謎の少年。シンジのことを前から知っているようだが……。
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29歳。ネルフ戦術作戦部作戦局1課課長。
階級は1佐。シンジの保護者的な役割をはたしている。楽天家のようにふるまっているが、内面には厳しい部分も秘めている。 -
30歳。ネルフ技術開発部技術局1課所属。
EVAシリーズの開発を目的とする、E計画担当の科学者。考え方は理知的かつ合理的で、仕事上では直感的なミサトと対立することも多い。
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48歳。特務機関ネルフの最高司令官で、シンジの父親。
EVAシリーズの運用と使徒殲滅の任務遂行を最優先とする。
だが、彼の真意を知る者は少ない。 -
ネルフ本部技術局第一課所属。階級は二尉。
EVAの開発において、リツコの直属の部下として補佐役を担う。真面目だが、やや潔癖症的でもある。ダミープラグシステムなどの非人道的な計画に対しては、難色を示す。
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シンジの中学のクラスメート。
トウジの親友で、軍事マニア。 父親がネルフに勤めているせいで 事情通。 -
シンジの中学のクラスメート。
正義感の強い熱血漢で最初シンジを嫌っていたが、必死に戦うシンジを見て親友となる。 -
シンジの中学のクラスメート。
優等生タイプの学級委員長。真面目すぎてケムたがれることがあるが、他人に対して気配りの行き届いた優しい性格の少女。 -
ミサトがペットとしている親類の温泉ペンギン。自宅で同居している。